Jan Madsen er ekspert indenfor design af indlejrede systemer, med specielt fokus på metoder og værktøjer til system modellering og analyse af applikationsafvikling på multi-core eksekveringsplatforme, herunder hardware/software codesign. Jan Madsen er professor i computer-baserede systemer ved DTU Informatik, hvor han leder sektionen for Embedded Systems Engineering. Han er uddannet civilingeniør på DTU (1986) og har en ph.d. i datalogi fra DTU (1992); under sit ph.d studium opholdt han sig i en periode som forsker ved IMEC i Belgien. Jan Madsen er editor på 1 bog og 3 proceedings, medforfatter på 7 bogkapitler og mere end 70 videnskabelige artikler. Jan Madsen var bevillingshaver og koordinator for forskningsprojektet ”Hogthrob” (NABIIT) hvor han sammen med forskere fra DIKU og KVL opbyggede et trådløst sensornetværk til monitorering af grise. Han er med i forskningsprojekterne MoDES (NABIIT) og DaNES (Højteknologifonden) der begge omhandler model-baseret udvikling af indlejrede systemer. I DaNES er han leder af aktiviteten for eksekveringsplatforme og formand for projektets styrregruppe. I EU regi sidder han som ”lead delegate” for Danmark i Governing Board for det nye store forskningsprogram inden for indlejrede systemer, ARTEMIS. Han er cluster leder og medlem af den strategiske styrregruppe for ArtistDesign og ARTIST2, der begge er EU Network-of-Excellence indenfor design af indlejrede systemer. Han har tidligere været med i flere andre EU- og nationale forskningsprojekter. Jan Madsen er medlem af det svenske forskningsråd, hvor han sidder som medlem af pannelet for Computer Science. Han er medlem af bestyrelsen for forskerskolen ITMAN ved DTU Informatik, bestyrelsen for IEEE Danmark og er dansk repræsentant for IFIP WG10. Han er medlem af redaktionskomiteen for tidsskriftet IET CDT. Han var Program Chair for konferencen DATE i 2007 og CODES i 2000, og var General Chair for CODES 2001. Han er programkommitteemedlem af en række af de førende konferencer inden for området. Han var i perioden 2000-2007 studieleder for masterprogrammet Computer Science and Engineering. Han har været medlem af adskillige bedømmelsesudvalg for adjunkt og lektor stillinger i Danmark. Han har gennemført rektorkollegiets forskningsleder uddannelse og har fulgt flere kurser om vejledning af PhD studerende og adjunkter.